L'ARPA Lazio svolge attività di monitoraggio e controllo finalizzate alla tutela ambientale delle risorse idriche e dell'ecosistema acqua.L'Agenzia effettua controlli sistematici sulle acque reflue che, dopo essere state utilizzate nei processi industriali e civili, sono immesse nei corpi idrici superficiali per verificare il rispetto dei limiti, previsti dalla normativa, relativamente ai diversi parametri inquinanti rilevanti per la tutela dell'ambiente.
I controlli delle acque potabili debbono, in primo luogo assicurare che non vi siano rischi sanitari e per questo sono effettuati sulla rete acquedottistica prima della distribuzione alle unità abitative. Titolari di questi controlli sono le Aziende Sanitarie Locali.Anche le acque destinate alla balneazione sono oggetto di controllo, durante la stagione estiva, per assicurare ai cittadini che non vi siano rischi per la loro salute. Nell'ambito dei programmi di tutela delle acque superficiali (fiumi, laghi, mare, laghi costieri) e sotterranee, l'ARPA Lazio conduce monitoraggi per il continuo aggiornamento della conoscenza sullo stato di qualità dei corpi idrici presenti nella regione Lazio nel quadro degli obiettivi previsti dalla Comunità Europea e a supporto della programmazione delle azioni di risanamento della Regione Lazio.L'ARPA Lazio fornisce inoltre supporto tecnico alla Regione e ad altri soggetti istituzionali ed effettua attività di vigilanza e controllo sulla base di programmi, segnalazioni o esposti.